圓通寺位於台北盆地東南邊緣,露出的地質以漸新世晚期至中新世初期之木山層為主,為2,400萬年 ~ 2,200萬年前濱海沈積地層,400萬年前的南澳造山運動將沈睡的古老地層推擠出海面。這裡可以觀察的地質現象有:
石壁湖:此處的舊名為「石壁湖」。由厚層砂岩構成的木山曾經地殼擠壓變動產生摺皺,形成ㄇ字如畚箕似的造型,岩壁直立陡峭,中間凹處因地質鬆軟易風化形成窪地,窪地的閩南語叫做「湖」,因而得名。一線天:並非人為開鑿,而是岩石的天然節理造成,因為重力的關係,往低漥處慢慢張裂傾斜,使裂隙加大,岩壁旁經整修後形成饒富摸索趣味,柳暗花明的一線天。